徐鸿儒起义的声势浩大，活动范围遍及半个山东，给明朝统治者以严重的打击。但是，徐鸿儒在取得一系列胜利之后，没有采取机动灵活的斗争策略，乘机扩大战果。在敌强我弱的情况下，反而采取了固守一城一池的消极的作战方法。九月，徐鸿儒进攻兖州失利后，仍然固守邹县，与敌人硬拼，义军被围困三个月。十一月，城中弹尽粮绝。徐鸿儒与义军高尚宾、欧阳德、许道清等数百人仍顽强坚持战斗，决心与城共存亡。

由于起义准备不足﹐加之明廷派大军合力进剿﹐七月﹐各友军先后失败﹐郓城﹑钜野失守。

义军中又出了叛徒，都督侯王、总兵魏七等把徐鸿儒捆绑起来，打开城门向明军投降。

徐鸿儒等在形势不利的条件下﹐仍固守邹县﹑滕县﹐与官军抗衡。明军调集山东﹑北直隶等地的大量官军﹐围徐鸿儒军于滕县。九月﹐徐鸿儒粮尽援绝﹐突围不成而被俘﹐十二月十一月二十一日，徐鸿儒和其父徐东明、母亲傅氏及重要部属18人被押送北京，慷慨就义。

起义军主力被打败后，部分将士转战巨野、郓城，在郓城武安一带被明军包围，义军浴血奋战，拒不投降，最后，上万名义军将士血洒疆场，壮烈牺牲。

徐鸿儒起义历时190余天，范围遍及半个山东省，最后虽然失败，但却点燃了明末农民斗争的烈火，高敲响了明王朝的丧钟。过了不到七年，席卷全国的李自成起义就爆发了。